第一税务分局（大企业税收服务和管理局）。组织实施大企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作；指导、考核系统大企业税收服务和管理工作。

第二税务分局（出口退税服务和管理局）。组织实施进出口税收管理工作，对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。

第三税务分局（海洋石油税收管理局）。组织实施海洋石油企业、金融企业税收征管、税源管理工作；承担辖区内纳税人违法违章情况的处理、行政处罚及听证、行政复议、赔偿案件及行政诉讼，调解税收争议工作。

第四税务分局（反避税调查局）。制定并实施全市反避税相关工作计划；统筹实施特别纳税调整案件调查、结果的执行和反馈；受理实施预约定价安排；组织实施对跨国企业的监控管理；统筹全市企业关联申报审核和同期资料管理等工作。

第五税务分局（税收大数据和风险管理局）。组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用；指导、考核系统大数据和风险管理工作。

稽查局。组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件；承担推行“双随机、一公开”监管工作；承担税收违法“黑名单”公布及联合惩戒工作；组织落实税务部门和公安部门联络机制；参与实施“一案双查”。

第一稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市罗湖区、福田区、盐田区及第三税务分局（海洋石油税收管理局）征收管理范围内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第二稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市南山区、蛇口、前海自贸区、龙华区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第三稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市龙岗区、坪山区、大鹏新区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第四稽查局。承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；承担市局稽查局分派税务案件的查办工作；负责深圳市宝安区、光明区、深汕特别合作区管辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。