程序的规范性和可操作性，是双边预约定价安排顺利谈签的重要保障。经济合作与发展组织发布的首份《双边预约定价安排手册》（以下简称“双边APA手册”）中，对双边APA的程序做出详细介绍。通常情况下，双边APA可分为6个阶段：预备会谈、正式申请和受理、信息收集、立场文件和磋商、确定方案和实施、持续监控。

预备会谈

在纳税人正式提出双边APA申请之前，税企双方可能预先召开一次或多次会议，讨论纳税人申请双边APA的适用性、纳税人数据披露和税务机关接受申请的可能性等问题。预备会谈阶段的工作，可以提高后续实施双边APA的效率，因此，中国、美国、澳大利亚和印度等国家（地区）都会组织预备会谈。双边APA手册的最佳实践部分提到，纳税人在预计申请双边APA前，可与一方税务主管当局开展正式或非正式的初步讨论。但是，如果纳税人申请双边APA的概率较大，应通知两个税务主管当局。同时，税务主管当局在早期与纳税人接触时，不应过度影响纳税人对其双边APA申请中各项问题的立场，也不应做出过度分析且确定自身对双边APA相关问题的立场。

正式申请和受理

在这一阶段，纳税人将根据规定提交双边APA申请，接到申请的税务主管当局需要确定是否受理该申请。在申请时，纳税人应该同时向双方税务主管当局提交正式申请，申请中所包含的内容应保持一致，以免因信息不对称影响双边APA流程。如果两个国家（地区）使用不同语言，纳税人提交的双边APA申请资料需要附有英文译本，或是经双方税务主管当局认可的语言。税务主管当局正式受理双边APA申请后，将会评估纳税人所提出的转让定价方法与国际转让定价原则是否一致、拟定的计划和安排是否详尽到位、拟定的条件能否在双边APA有效期间保持足够稳定等情况。

双边APA手册指出，两个税务主管当局的早期合作，有助于双方在这一阶段保持步骤一致，加快双边APA谈签进程。在时限上，双边APA手册在最佳实践部分建议，税务主管当局应于收到纳税人完整申请后的30天内确定是否受理，无法按时做出决定时，应该将预计的决定日期通知纳税人和对方税务主管当局。

信息收集

正式受理双边APA申请后，主管税务当局的主要工作是收集必要的信息数据以支持其提出的立场，为与对方税务主管当局进行磋商做好准备。双边APA手册建议税务主管当局制定双边APA项目计划，并在附件B中提供了计划时间表模板。在收集信息的过程中，双方税务主管当局要协调信息收集过程，避免重复劳动，并确保双方获得了同样的信息。在信息收集阶段，如果双方税务主管当局对双边APA申请描述的相关交易存在重大异议，应当尽快沟通，互相分享观点。

立场文件和磋商

双边APA手册从及时提供立场文件，纳税人在磋商中的角色定位，磋商时主管税务当局的具体行为，如何制定双边APA条款草案四个方面，详细介绍了立场文件和磋商阶段的相关事项。双边APA手册认为，税务主管当局在开始磋商前，最重要的一个环节是了解对方的立场倾向。由于大多数国家（地区）没有制定统一的双边APA立场文件格式，双边APA手册对立场文件的细节做出规范，附件E中提供了相应模板，供各辖区参考。

确定方案和实施

此阶段通常包括双边APA协议的最终定稿和双边APA的国内实施。当双方税务主管当局就双边APA协议条款达成一致时，会签署双边APA协议，并交换正式的信函。主管税务当局应在双边APA签署后，及时通知纳税人下一步需要做什么；纳税人需要简化其内部协商流程，尽早达成一致意见，以免出现不必要的延误。双边APA手册要求，在具体实施时，如果纳税人与一方税务主管当局就双边APA申请事项签署国内协议，应当与双边APA协议条款保持一致且符合国内法要求，在谈签双边APA和通过国内协议时，不应有重大延误。

持续监控

达成双边APA协议后，纳税人必须保证在协议有效期内遵守双边APA条款。如果纳税人没有遵守相关条款或擅自改变协议适用的关键假设，将无法适用双边APA协议。双边APA手册提出，纳税人除了在国内申报纳税之外，还应提交年度双边APA合规报告，说明纳税人遵守了双边APA协议的条款和条件，报告应包括证明其是否满足关键假设或其他保障措施所需的信息。